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鱷魚在自然界堪稱強者，角馬、斑馬、野牛，乃至老虎、獅子、犀牛都曾經命喪鱷口。然而，鱷魚有大有小，最小的侏儒鱷和鈍吻古鱷不過一米左右。即使是大型鱷魚，初孵雛鱷也非常弱小，而且生長緩慢。
小型鱷魚以及鱷卵、幼鱷的捕食者還是不少的，雛鱷能長大的不過九牛一毛。
無脊椎動物中， 至少有三種螞蟻會捕食鱷魚，其中最重要的是火蟻屬的螞蟻，大名鼎鼎的入侵物種紅火蟻和小火蟻就屬於這個屬。
在拉丁美洲原產地，火蟻經常攻佔巴拉圭凱門鱷和佩滕鱷的巢穴，在雛鱷破殼而出時一擁而上瘋狂叮咬，吃掉其中較弱的個體。在極端情況下，火蟻幾乎能吃光所有雛鱷。
入侵美國以後，紅火蟻已經吃掉了不少密西西比鱷和美洲鱷的雛鱷，並導致倖存者生長率下降、患病率增加。
在澳洲北部的大河河口， 尖吻鱸、虎鯊、高鰭真鯊和露齒鯊都會進攻灣鱷和淡水鱷的鱷苗和幼鱷， 不少未成年灣鱷的尾巴斷了就是鯊魚咬的。
入侵到巴布亞紐幾內亞的 短蓋肥脂鯉，會進攻灣鱷和新幾內亞鱷的鱷苗和幼鱷，有時會咬掉幼鱷的尾巴。
綠水蚺纏繞凱門鱷
大型蟒蛇捕食鱷類很普遍。在南美， 水蚺就以幼年和亞成年凱門鱷為食。在非洲，大個體巖蟒（2.5米以上）可捕食侏儒鱷。入侵佛羅里達州大沼澤地國家公園的 緬甸蟒吞了不少密西西比鱷，在11條緬甸蟒的嘔吐物、胃容物或糞便中都發現過密西西比鱷的殘骸。
在亞、非和澳洲， 巨蜥是鱷卵的主要捕食者。在辛巴威東南部，沒有母尼祿鱷守護的鱷巢有80%會在兩個半月以內被尼羅河巨蜥摧毀。此外，尼羅河巨蜥還會捕食初孵雛鱷。 巨蜥是成對協同作案的，一隻負責引開母鱷，另一隻到鱷巢裡搞破壞。
密西西比鱷同類相食
當多種鱷魚同域棲息，大的會捕食小的，從而影響後者的種群數量和空間分佈。例如， 小個子的眼鏡凱門鱷在大型的黑凱門鱷、奧利諾科鱷被人類獵盡的地方變得常見。眼鏡凱門鱷同樣也受到另一種大型鱷類—— 美洲鱷的排擠，只有某地的美洲鱷被人類獵光，眼鏡凱門鱷才會擴散到這裡。
在澳大利亞北部， 灣鱷和澳洲淡水鱷的數量呈顯著負相關，因為巨大的灣鱷會捕食體型較小的淡水鱷，而反過來成年淡水鱷也會吞食灣鱷鱷苗。作為體型最大的鱷魚， 灣鱷會限制亞洲多種淡水鱷的分佈，斯里蘭卡的澤鱷和婆羅洲的馬來鱷其分佈都在一定程度上受到灣鱷制約。
非洲禿鸛
在非洲，當尼羅河巨蜥把尼祿鱷巢挖開，非洲禿鸛就緊隨其後大量捕食鱷苗；
而且禿鸛還會用大嘴巴在沙地上探測，覓食鱷卵。在阿根廷，鳳頭卡拉鷹能挖開凱門鱷的窩並取食鱷卵。有些夜行性鳥類如貓頭鷹和夜鷺也會抓鱷苗吃。
作為當今地球上的霸主，哺孚乚動物是鱷魚的大敵，有超過50種哺孚乚類會捕食鱷魚。
齧齒動物、豬類以及犬、浣熊、靈貓和獴等食肉動物都喜歡吃鱷魚蛋，它們主要靠發達的嗅覺發現鱷巢。 幼鱷的哺孚乚類捕食者主要有貓類和犬類。有人在伊朗觀察到流浪狗捕食澤鱷幼體。
澳洲野犬會伏擊淡水鱷巢，吃其中的鱷卵和鱷苗。
大型貓科動物有能力捕獵成年鱷魚，獅、虎、豹、美洲虎、山獅甚至虎貓都有捕獵成年鱷魚的記錄。然而，只有當鱷魚非常豐富且其他獵物很少的時候，貓類才會將鱷魚作為主食。
在佛羅里達的大沼澤地，山獅獵物有11%是密西西比鱷；而在秘魯的高地，山獅的主食是哺孚乚動物，很少碰鱷魚。
美洲虎捕凱門鱷
綜上我們可以看到， 鱷類在不同階段有不同天敵。鱷卵的主要捕食者是陸生爬行類和哺孚乚類（86.2%）。對幼鱷（包括鱷苗）來說，水、陸、空三個方向的捕食者各占約三分之一（分別是37.1%、30.9%和32%）。而亞成年和成年鱷不再有空中的天敵，水裡和陸地上的捕食者各占約一半（分別是48.3%和51.7%）。
鱷苗是鱷魚一生中最為脆弱的階段，天敵包括從螞蟻到人類的各種動物，存活率僅30%。幼鱷滿一歲以後，隨著體重翻番，天敵種類就急劇減少。能威脅成年鱷的自然捕食者不過大貓、蟒蛇、更大的鱷魚以及鯊魚等寥寥數種。
很多成年雌鱷一直活到自然衰老，而多數成年雄鱷是在領地戰爭中被更大的同類所捕食。。
對大型鱷類來說，任何一種自然捕食者都遠不如人類來的簡單。九種大型鱷魚中，食魚鱷和奧利諾科鱷已經極度瀕危，美洲鱷和馬來鱷也已經易危。自然界的強者在人類面前成了微不足道的弱者，在狩獵嚴重的地區，鱷魚已經學會躲避人類了。
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