一部動漫跨度久，也就意味著前後差異會更大，有些前期擁有的設定，到了後期有可能便被捨棄掉，《火影忍者》亦是如此。也許最初的時候作者沒想過火影忍者會這麼火，需要自己畫這麼多年，所以才會出現前期和後期是兩個世界的這種情況。前期的火影以戰鬥策略為主，用盡周圍一切事物，以打倒對方的目的，後期的火影，絢麗多彩，簡直不要太耀眼。還有一些被拋棄的設定，簡直是火影整部的精華所在。
尾獸在早期的設定中，其實是有生死的，人柱力領盒飯之後，尾獸也會跟著消亡。最典型的例子就是，中忍考試期間，自來也指導鳴人使用通靈術，將他推下懸崖，九尾這才迫不得已借給鳴人查克拉。而在後期的設定中，尾獸也會死亡，但由於它們是查克拉，所以在一段時間之後，便又會重新出現。顯然這兩者是有區別的，如果再碰到鳴人那種狀況，九尾怕不是巴不得他這麼做。
自來也的逝去大概是火影迷心中最令人惋惜的一件事，更惋惜的是，長門沒有將其復活，而且兜也沒有將他穢土轉生出來，導致自來也與六道佩恩的那一戰是他最後的一面。按照兜的說法，自來也是沉入了雨之國的海底，所以才沒有找到他，然而，不要忘記，雨之國在哪，那可是在整個忍界大陸的最中心位置，何來的海底之說。雨之國常年下雨是不錯，也不足以形成一個無法觸底的內陸海吧。
火影忍者中被捨棄的設定還有許多，有些是阻擋劇情進展的敗筆，而有些則是整部火影的精華所在，就這麼被隨隨便便的捨棄了，用了更直接明瞭的設定將其代替。